Hola:
1) ¿como puedo desmarcar una flota que he marcado como pirata?
No se puede, tené cuidado que las flotas piratas pueden localizarse desde cualquier lugar del universo y suelen ser atacadas inmediatamente cuando se las ve. Además la flota tiene cierta probabilidad de "volverse salvaje" y terminar siendo controlada por la IA. Esto no lo tengo muy estudiado igualmente, habria que averiguar o preguntar a alguien que sepa mas.
2) ¿puede ser pirata y proteger el planeta al mismo tiempo? (eso parece)
Si puede, es una flota mas, pero que no necesita declarar la guerra para ser atacada o atacar.
¿Que hace una flota logística? ¿Esta enlazado con la SG-IA logistics?
Aun no está implementado, por lo cual no hace nada.
Objetivo: ............. (mi propia flota?)
El objetivo marca con qué flota va a interactuar tu flota.
Atacar 
Atacar a la flota marcada como objetivo, también puede surtirle combustible, si completás el cuadro de combustible a surtir.
Escanear ¿qué escanea, planetas, otras flotas? y si no estoy conectado cuando se encuentra otra flota ¿dónde queda escaneado el escaneo?
Escanea a la flota marcada como objetivo, el informe se presenta inmediatamente y no se guarda, tenés que hacerlo por tu cuenta.
Combustible a surtir : ¿es ésto lo mismo que cargar combustible desde la pantalla de cargar flota?
Completado este recuadro con un número distinto a cero, cuando se le da a "atacar" tu flota transfiere parte del combustible a bordo a la flota marcada como objetivo. ¡Cuidado! Si le das a atacar y el recuadro está vacio, se iniciará una batalla!!!
Flota comerciante: si/no
Bueno esto es mas complejo, una flota comerciante es aquella que al vender recursos a una sede comercial recibe una "gratificación", es decir, un premio en SGs por haber enviado recursos a esa sede comercial. También un equivalente en recursos de ese premio es entregado al dueño de la sede comercial. Esto depende de la distancia del sistema en el que la flota se transformó en comerciante a la sede comercial. Despues te busco varios post para que leas al respecto porque ultimamente el uso de estas flotas se transformó en una estrategia estrella en las partidas.